Madrasah Ibtidaiyah Unwanul Huda didirikan pada tahun 1962 oleh KH. Ahmad Zainuddin bersama dengan KH. Ahmad Muhayyar.  Madrasah ini diawali dengan Pendidikan yang bersifat non formal, berupa pengajian kitab kuning yang bertujuan untuk memantapkan aqidah Islamiyah.

Pada tahun 1973 Madrasah ini menjadi lembaga pendidikan yang bersifat formal dibawah naungan Yayasan Pendidikan Unwanul Huda yang tetap bergerak di bidang pendidikan sekaligus bidang sosial dan kepemimpinan dipegang oleh H. Mochsin Achmad.

Tahun demi tahun lembaga pendidikan ini semakin berkembang pesat dalam bidang administrasi maupun bidang teknologi informatikanya. Saat ini kepemimpinan di pegang oleh Sofyan Achmad, S.Pd.I.

MI Unwanul Huda berkeinginan dan bercita-cita sebagai salah satu sekolah yang mengedepankan Pendidikan agama Islam yang menghasilkan peserta didik yang bertakwa seperti yang tertuang dalam visi yakni “insan yang bertakwa, berbudaya dan berprestasi”.

MI Unwanul Huda mencoba untuk selalu membuat inovasi-inovasi baru, seperti metode pembelajaran, pengembangan kurikulum, manajemen sekolah, keterlibatan wali murid serta kegiatan-kegiatan yang bersifat sosial ataupun lainnya dengan harapan dapat meningkatkan kualitas.